Te has leído bien como funciona el driver? Lo tienes todo bien conectado? Como lanzas ese 1? Cuanto dura?
http://www.pololu.com/catalog/product/1182 " onclick="window.open(this.href);return false;

El movimiento erratico con PaP lo he vivido en mis propias carnes y por distintos motivos.
- Cableado, olvidar unir a los demas circuitos la GND común de la bateria que alimenta los motores.
- Potencia, 800mA para PaP bipolares puede que vaya justito y si son 3 quizá sea escasa.
- Enviar los pasos demasiado rapido (prueba a aumentar esos 50ms a 500ms y mira a ver si se soluciona)
- Enviar la secuencia de forma incorrecta desde el microcontrolador... esto es revisar tus apuntes y código fuente.

ya nos contarás como te va.

Bien, pues sigue igual, he subido a 9v-1A en la alimentacion del motor, he subido a 500ms el step y nada de nada.
Con respecto a la masa del circuito entero entiendo que la masa de los motores es solo para los motores mientras que la masa del pololu es la misma que la del pinguino.

Este es el codigo que he subido apinguino:

const int ledpin1 = 1;
void setup() {
//run once:
pinMode(ledpin1,OUTPUT);
}
void loop()
{
delay(500);
digitalWrite(ledpin1,HIGH);
delay(500);
digitalWrite(ledpin1,LOW);
}

y esta una imagen del circuito de pruebas:

Asi a bote pronto... tres cosas...
1) las masas deben estar conectadas... salvo que utilices relés (no es el caso).
2) las etapas de potencia normalmente reciben doble cableado de alimentación, uno alimenta el motor y el otro alimenta la electrónica... en la foto (que no es muy clara) veo el cable Rojo/Negro que alimenta el motor pero no veo la alimentacion de la electrónica.
3) en el programa no configuras el pin de la dirección, cuando no has indicado un estado por sofware ni por hardware los pines tienen un valor indeterminado lo que puede provocar un comportamiento erratico... 😛

Solución:
configura el pin de dirección y cablea todo como el esquema adjunto.