Depende de lo lejos que estén. Si están separados unos centímetros, I2C, si están más lejos RS232. El I2C está pensado para comunicar distintos circuitos en la misma placa, o en placas adyacentes.
El RS232 está pensado para comunicar circuitos de distintos aparatos, separados hasta decenas de metros.
El RS232 suele comunicar hasta 57600 baudios (o bits por segundo) y puede tener chequeos de paridad. El I2C comunica a varios megabits por segundo, pero no tiene chequeos.
El RS232 es full duplex, puede enviar a la vez que transmite, mientras que el I2C es half duplex: primero se envía y luego se recibe.
El I2C permite un maestro y varios esclavos, el RS232 es punto a punto: un circuito comunica solo con otro.
La verdad es que no tienen mucho que ver un sistema con otro: para circuitos en la misma placa o dentro de la misma máquina I2C.
Para circuitos en distintas máquinas RS232.

Muchisimas gracias!, entonces usare el bus I2C ya que las dos placas van a estar una al lado de la otra, y es mas rapida la comunicación, y si hubiera que comunicar algun sistema mas no habría problemas al usar I2C.

Mil gracias!

superprp, ¿tiene algo que ver con la fonera?

SIIIIP!!, JEJE,

Te comento, intentando hacer con es:
http://www.gp2xspain.com/
una aplicación "juego" educativo, con el que a traves de la wifi (mediante una tarjeta SD wifi mismamente, conectarte a un robot (fonera+arduino).
El programa principal estará en la fonera (programado mediante un SDK en open wrt) y en el arduino todo el control de tiempos "critico" toto dipo de funciones de movimiento de control de servos, sensores, y funciones principales de movimiento. Con esto intento hacer un robot controlado con la GP2X F200, en realidad aparte de telecontrol, habrá distintos juegos con los que interactúas con el robot.

Asique, que me recomiendas?? GPIO->I2C o RS232??