La cosa es que cada compilador tiene sus cosas y formas, asi que lo que te recomiendo es que te busques a ver si el WinAVR tiene carpeta de ejemplos e intentes descifrar que, como y porque hacen lo que hacen. Creo que el winavr trae una y en este hilo de AvrFreaks tienes algunos ejemplos mas:

http://www.avrfreaks.net/index.php?name ... ic&t=24956

Hola!!

Me estoy bajando el WinAVR para programar un Atmega en C. El tema es que sé C pero nunca he programado un microcontrolador en C, siempre lo he hecho en ensamblador, así que me gustaría saber si hay algún manual/tutoriales, etc sobre cómo programar micros en C.

Muchas gracias!

"C Programming for Microcontrollers" es un libro que me ha ido muy bien para aclarar algunos conceptos básicos de programación de microcontroladores. Además es bastante ameno de leer (al menos para mi gusto, claro).

Tienes los dos primeros capítulos, a modo de guía rápida aquí

Aunque si ya sabes programarlos en ensamblador no sé si te aportará algo. Yo he programado bastante en C y C++ pero para microcontroladores jamás había hecho nada.

Saludos,
Jose